扎瓦爾是一位生長在蘭嶼的達悟小孩。由於扎瓦爾的父母都離家北上台北工作，所以他必須跟爺爺在部落裡生活，除了幫爺爺捕魚和下田工作外，也要照顧弟弟小翔。有一天扎瓦爾與小翔聽到父親在工作中受了傷，非常的擔心，所以決定瞞著爺爺北上找父母。紮瓦爾與小翔在火車上遇到雅米一家人，雅米的弟弟小安是一個非常喜原住民文化的小孩，所以跟小翔玩成一片。雅米是一位討厭大人虛偽世界的人，總覺得這個世界的環境破壞，都是來自大人的貪婪所造成。並且隨著北上列車的行駛，展現了南回鐵路與西部幹線的風景外，也觸動了扎瓦爾與雅米的純純之愛。到達台北後，扎瓦爾把爸爸住院的位址紙條不小心掉落在家裡，所以不得不向雅米的父母告知偷跑出來一事。雅米的叔叔是一位員警，剛好到台東出差就順路帶兩兄弟回家，只是扎瓦爾不敢跟小翔提起回家之事。隔天，雅米的叔叔帶著扎瓦爾走蘇花公路回台東。來到頭城看到龜山島，雅米的叔叔講起龜山島與噶瑪蘭公主的愛情故事。聽完故事，車繼續南下，警車開在花東縱穀的台九線上，景色從城市的水泥建築物，轉變成鄉下的綠意盎然，卻也漸漸地融入孤獨的氛圍。車上小翔問起了找父母之事，扎瓦爾知道瞞不住了，所以實話地跟小翔說，不去找父母了，小翔當場崩潰大哭吵鬧，扎瓦爾腦中一片空白，突然想起了…蔓卡爾、小安和他的爸爸媽媽一家人。那種全家人在一起吵吵鬧鬧的幸福滋味。回到家，扎瓦爾與小翔都太累了，體力不支的睡著了。不知睡了多久，扎瓦爾餓醒，拿著山芋來到涼臺。卻發現小翔在沙灘上推著船準備出海去。得知小翔堅決要去找父母，於是決定與小翔出海。海上的船在月光與星光的照耀下，更顯現出扎瓦爾與小翔找尋爸媽的決心。出海沒多久，扎瓦爾與小翔在海上遇到之前在海邊救起一隻飛魚帝國的王子----小飛，小飛帶領好朋友孤獨的旅行者—大福、海底遊俠—飛翼阿姨、刺客、龜仔等一行人幫助扎瓦爾與小翔搭北上的‘特快車’---黑潮，到臺北找尋父母。扎瓦爾與小翔也在小飛及其朋友的協助下，對抗鬼頭刀、浪人鯵、劍旗魚的追擊下，展開一場冒險旅程……。