扎瓦爾是一位生長在蘭嶼的達悟小孩。由於扎瓦爾的父母都離家北上台北工作,所以他必須跟爺爺在部落裡生活,除了幫爺爺捕魚和下田工作外,也要照顧弟弟小翔。
有一天 扎瓦爾與小翔聽到父親在工作中受了傷,非常的擔心,所以決定瞞著爺爺北上找父母。紮瓦爾與小翔在火車上遇到雅米一家人,雅米的弟弟小安是一個非常喜原住民文化的小孩,所以跟小翔玩成一片。雅米是一位討厭大人虛偽世界的人,總覺得這個世界的環境破壞,都是來自大人的貪婪所造成。並且隨著北上列車的行駛,展現了南回鐵路與西部幹線的風景外,也觸動了 扎瓦爾與雅米的純純之愛。
到達台北後, 扎瓦爾把爸爸住院的位址紙條不小心掉落在家裡,所以不得不向雅米的父母告知偷跑出來一事。雅米的叔叔是一位員警,剛好到台東出差就順路帶兩兄弟回家,只是 扎瓦爾不敢跟小翔提起回家之事。隔天,雅米的叔叔帶著 扎瓦爾走蘇花公路回台東。來到頭城看到龜山島,雅米的叔叔講起龜山島與噶瑪蘭公主的愛情故事。聽完故事,車繼續南下,警車開在花東縱穀的台九線上,景色從城市的水泥建築物,轉變成鄉下的綠意盎然,卻也漸漸地融入孤獨的氛圍。車上小翔問起了找父母之事, 扎瓦爾知道瞞不住了,所以實話地跟小翔說,不去找父母了,小翔當場崩潰大哭吵鬧, 扎瓦爾腦中一片空白,突然想起了…蔓卡爾、小安和他的爸爸媽媽一家人。那種全家人在一起吵吵鬧鬧的幸福滋味。
回到家, 扎瓦爾與小翔都太累了,體力不支的睡著了。不知睡了多久, 扎瓦爾餓醒,拿著山芋來到涼臺。卻發現小翔在沙灘上推著船準備出海去。得知小翔堅決要去找父母,於是決定與小翔出海。海上的船在月光與星光的照耀下,更顯現出 扎瓦爾與小翔找尋爸媽的決心。
出海沒多久, 扎瓦爾與小翔在海上遇到之前在海邊救起一隻飛魚帝國的王子----小飛,小飛帶領好朋友孤獨的旅行者—大福、海底遊俠—飛翼阿姨、刺客、龜仔等一行人幫助 扎瓦爾與小翔搭北上的‘特快車’---黑潮,到臺北找尋父母。
扎瓦爾與小翔也在小飛及其朋友的協助下,對抗鬼頭刀、浪人鯵、劍旗魚的追擊下,展開一場冒險旅程……。