在臺灣東部的紅頭嶼（蘭嶼）上，住著一群率真、活潑的達悟族。歐帕古與奇諾娃是島上一對青梅竹馬的情人。有一次兩人到祖靈的禁忌地---白島（小蘭嶼）遊玩，並許下至死不渝的愛情約定，卻也觸犯了祖靈的禁忌，受到惡靈的桎梏。另一方面，卑南族也展開東部領導權的戰爭，而懷抱野心的卑南社頭目---卑那拉，則挑釁統領東部七十二社的知本社。當卑那拉打敗知本社後，便派巫師阿棒南下各島嶼進行貿易，並告知知本社被打敗的消息，往後不可再向知本社進貢。當阿棒行經紅頭嶼的南方海面時，發現漂亮的奇諾娃，回卑南後，建議卑那拉強奪奇諾娃。在卑那拉答應後，計劃於達悟族飛魚祭的夜捕行動中，搶奪奇諾娃。當奇諾娃被卑那拉帶回卑南時，奇諾娃的情人歐帕古，隻身一人前往卑南欲尋奇諾娃，卻被知本社的卑南人所抓。由於知本社想從卑南社手中拿回領導權，於是知本社的巫師---印米帶領族人在利嘉部落，進行軍事訓練，準備攻打卑南社。而歐帕古也被印米帶往利嘉，並在印米的訓練下，成為卑南族式的達悟勇士。知本社徹底地被卑南社打敗後，卑南社接收知本社的領導地位，統治著整個東部。被抓回的奇諾娃，一直沒有歐帕古的消息，於是投河自殺，卻被卑那拉救起。由於受到卑那拉的真情對待，與卑那拉產生了感情。由於卑那拉的武力擴張，引發排灣族人的不滿，遭致祖先的發祥地，受到排灣族人的破壞與挑釁。於是卑那拉在知本社的懇求下，討伐排灣族。而歐帕古與奇諾娃也在這場戰役中重逢。奇諾娃了解歐帕古為了找尋自己，費盡了千辛萬苦，又想，無法與歐帕古在一起，於是再一次的跳河自殺。卑那拉也因痛失奇諾娃，無心經營東部，加上台灣流行天花與瘟疫，領導權轉到利嘉部落的首領---馬哈禮的手上。而卑那拉則帶著憂愁與奇諾娃的思念，離開他所建立的東部王國，在他輝煌的時代死去。另一方面，歐帕古被放逐於海上，隨後被達悟人救起帶回紅頭嶼。隨著時間的流逝與對奇諾娃的思念，身子一天不如一天的消瘦下去。最後以僅存的體力回到與奇諾娃的約定之島---白島上，隨著奇諾娃的笑臉而去......。

扎瓦爾是一位生長在蘭嶼的達悟小孩。由於扎瓦爾的父母都離家北上台北工作，所以他必須跟爺爺在部落裡生活，除了幫爺爺捕魚和下田工作外，也要照顧弟弟小翔。有一天扎瓦爾與小翔聽到父親在工作中受了傷，非常的擔心，所以決定瞞著爺爺北上找父母。紮瓦爾與小翔在火車上遇到雅米一家人，雅米的弟弟小安是一個非常喜原住民文化的小孩，所以跟小翔玩成一片。雅米是一位討厭大人虛偽世界的人，總覺得這個世界的環境破壞，都是來自大人的貪婪所造成。並且隨著北上列車的行駛，展現了南回鐵路與西部幹線的風景外，也觸動了扎瓦爾與雅米的純純之愛。到達台北後，扎瓦爾把爸爸住院的位址紙條不小心掉落在家裡，所以不得不向雅米的父母告知偷跑出來一事。雅米的叔叔是一位員警，剛好到台東出差就順路帶兩兄弟回家，只是扎瓦爾不敢跟小翔提起回家之事。隔天，雅米的叔叔帶著扎瓦爾走蘇花公路回台東。來到頭城看到龜山島，雅米的叔叔講起龜山島與噶瑪蘭公主的愛情故事。聽完故事，車繼續南下，警車開在花東縱穀的台九線上，景色從城市的水泥建築物，轉變成鄉下的綠意盎然，卻也漸漸地融入孤獨的氛圍。車上小翔問起了找父母之事，扎瓦爾知道瞞不住了，所以實話地跟小翔說，不去找父母了，小翔當場崩潰大哭吵鬧，扎瓦爾腦中一片空白，突然想起了…蔓卡爾、小安和他的爸爸媽媽一家人。那種全家人在一起吵吵鬧鬧的幸福滋味。回到家，扎瓦爾與小翔都太累了，體力不支的睡著了。不知睡了多久，扎瓦爾餓醒，拿著山芋來到涼臺。卻發現小翔在沙灘上推著船準備出海去。得知小翔堅決要去找父母，於是決定與小翔出海。海上的船在月光與星光的照耀下，更顯現出扎瓦爾與小翔找尋爸媽的決心。出海沒多久，扎瓦爾與小翔在海上遇到之前在海邊救起一隻飛魚帝國的王子----小飛，小飛帶領好朋友孤獨的旅行者—大福、海底遊俠—飛翼阿姨、刺客、龜仔等一行人幫助扎瓦爾與小翔搭北上的‘特快車’---黑潮，到臺北找尋父母。扎瓦爾與小翔也在小飛及其朋友的協助下，對抗鬼頭刀、浪人鯵、劍旗魚的追擊下，展開一場冒險旅程……。