在道光三年的楊良斌之亂後，嘉義知縣王衍慶著手整頓縣治。不久即發覺所謂「只有唐山公，沒有唐山媽」的諺語一點也不假。當時台灣番界內的二百萬大清百姓，結構主要仍是由福建，廣東一帶來的漢民男子，與當地番社女子所組家庭的後裔，以及漢化的番社居民所組成。但這一切也都在嘉慶十六年以前趨於穩定，閩、客籍農莊卻平素互不往來。只有利用宗廟的信仰與活動，才能穩定民心增加交流。

但是王衍慶卻接到了补子媽祖的邀請，於是帶著露西亞前往补子配天宮。到补子媽祖使用停止時間的技能好與王衍慶漢不受時間限制的約翰相談時。卻遇到三面魔神中從未出現的大至聖，帶著假裝成神天兵天將的妖魔要綁架媽祖。雖然王衍慶與約翰成功抵禦魔神，卻造成了魔法失控的狀況，於是原本只剩靈魂的約翰竟和补子媽祖一起，被樹王神杖轉化成小孩子的狀態。

但這只是災難的開端，不久王衍慶與补子媽祖就發現所有台灣的在地神靈似乎都消失了。更發現漢天大運的朱岬皇能力覺醒，能夠將自己偽裝成神明，竊據沒有神明的土地，成為偽神。

缺少信仰的調和，台灣閩客族群間的摩擦開始增加。

不幸的是，這時由閩浙總督趙慎畛所提議的「清莊緝私」行動也在全台展開。只是原本以維持治安，打擊私梟為主的行動，在對粵籍客家有很深偏見的孫爾準主導之下，逐漸成了只針對粵籍族群的惡行。最後在閩客族群間製造了無法弭平的仇恨，眼看一場械鬥就在眼前。

無法忍受的王衍慶於是帶了露西亞前往閩浙總督府抗議，卻遇到了巫巧三埋伏，最後巫巧三犧牲自己靈魂成功封印了唯一能對抗三面魔神的武器，聖火槍！

大難似無可避，王衍慶卻意外地發現在嘉義縣城西的土地廟中，居然還藏了一個沒被綁走的土地公。原來這些士是諸羅山社的祖靈們，在子孫漢化後被遷入土地公廟內祭祀，隨後更被遺忘。只是此地土地公和這些祖靈們卻以朋友相稱，這次劫難中也是祖靈們出手協助才能逃過一劫。

在其祖靈的指點之下，王衍慶等改變策略。前往貓貍一地尋找師設一族的神明龓神蘇魯，傳說中龓神蘇魯也與漢神玉皇大帝相識，王衍慶與补子媽祖於是希望透過龓神蘇魯取得和神與番設神明的協助。卻赫然發現那裏還有天地會前龍頭的弟子黃斗乃。而且黃斗乃居然是目前台灣最接近神的人？

只是時機不等人，此時一件發生在彰化偷牛案件，引發閩客族群蓄積的怒火。王衍慶與露西亞還來的及阻止這場大難嗎？

清鄉緝私