『奧弗尼爾帝國』一個繼承遠古赤瞳血脈的族群所建立的軍事強國。

『神聖希爾文』一個從遠古時代就擔任女神代理者的宗教國家，他們的王族有著跟女神一樣銀白色的頭髮。

隨著時間的流失，兩個國家的王族血脈逐漸被稀釋，直到帝國建國一千年的那一年，誕生了一名繼承了兩個國家濃厚血脈的女嬰——『伊莉雅』，她有著銀白色的頭髮、深紅色的眼睛。

但是她的誕生並未帶給帝國興盛與繁榮，而是帶來滅亡前奏曲 ...

那一年，女嬰誕生那一年的九月，帝國的皇帝因病過世，接著所有欲求皇位之人紛紛舉兵，頓時帝國各地戰亂蜂起。

戰火連綿多個月後的某一天，一座隸屬於教會的孤兒院，它雖然位於帝國的領地內，所有權卻屬於『神聖希爾文』。而這個不受帝國管轄的地區，來了三名不速之客。

那天下著大雨的夜晚，兩名穿著侍女服的少女，抱著一個擁有銀白亮麗的頭髮與眼睛如紅寶石般豔紅的女嬰來到這孤兒院。

這個故事開始在『伊莉雅』三歲後，正要用她踏穩地面的雙腳探索周圍時，一場外出的女神知識的賦予儀式中，發生意外讓她失去記憶，但也獲得『XIII』這超越現有文明生命體的知識與能力。

如果只是一個普通的孤兒，她將平凡度過一生，然而她所繼承的赤瞳血脈並不允許，周圍的惡意慢慢侵蝕而來，她需要利用那股力量抵抗命運。